De padre nigeriano y madre suiza, Manuel Akanji empezó a formarse como futbolista cuando entró en la cantera del Winterthur (Provincia de Zúrich). Su trayectoria despierta curiosidad desde el momento en el que, sin ser titular en el Sub-18, el entonces seleccionador de la selección Sub-20, Gerard Castella, decidió llamarle para una convocatoria. A partir de allí, el salto cualitativo del chico fue impresionante. Tras hacerse con la titularidad en el primer equipo del Winthertur, el FC Basel lo fichó en 2015. Su irrupción en el conjunto ‘rotblau’ fue inmediata. No tuvo problemas para adaptarse a la máxima categoría del futbol helvético, demostrando capacidad de adaptación y de perseverancia. Tras debutar en el primer equipo, eso sí, sufrió una lesión en los cruzados que lo apartó durante seis meses de los terrenos de juego, un percance que hubiera podido frenar en seco su progresión. Aunque al volver de su lesión se hizo con la titularidad, dio el salto a la selección y sentó en el banquillo a todo un referente como Djourou en los playoffs frente a Irlanda del Norte. Su fichaje por el Dortmund es el nuevo salto que ha dado en su carrera; está llamado a ser el futuro dueño de la defensa del club alemán.
Central contundente, duro en la marca, posee sangre fría, algo que da mucha tranquilidad a la defensa, y además hace gala de una destacada capacidad de anticipación que va unida a un control notable del juego aéreo. Sabe adaptarse al perfil del delantero centro contra quien se tiene que enfrentar. Tiene que mejorar sus tomas de decisiones a la hora de salir con el balón jugado, considerando que tiene tendencia a buscar verticalizar el juego demasiado rápido.
Después de superar la primera prueba ante Brasil, ahora se espera que confirme sus condiciones en el partido delicado que Suiza jugará contra Serbia.